Jean-Francois Bautte begann schon mit zwölf Jahre seine Lehre beim Gehäusebauer Jacques-Dauphin Moulinié von der Pike und ließ sich zum Uhrmacher, Guillocheur und Goldschmied ausbilden. Handwerkliches Geschick, ein bemerkenswerter Geschäftssinn und Charme machten aus ihm einer der begehrtesten Uhrmacher seiner Zeit. Ab 1791 fertigte er seine eigenen Uhren, die er auch signierte, von daher gilt 1791 als das Geburtsjahr der Manufaktur. Zusammen mit seinen Partner, Jean-Gabriel Moynier, gehörten sie zu den berühmtesten Uhrenhändler in Genf und konnten Adels- und Königshäuser aus ganz Europa zu ihrer Kundschaft zählen. Eine Reihe von Schriftsteller, darunter Dumas, Blazac und Ruskin schrieben über den brillanten Uhrmacher, der als Erfinder der extraflachen Uhr gilt.

1837 verstarb Bautte, sein Sohn Jacques und sein Schwiegersohn Jean-Samuel Rossel übernahmen das Zepter. Sie setzten die Arbeit der Manufaktur Jean-Francois Bautte & Cie., für die Horlogerie fort. 1880 orderte die deutsche Kriegsmarine bei Girard-Perregaux rund 2.000 Deckel-Armbanduhren, was für damalige Zeiten, in denen alle Uhren von Hand gefertigte Luxuswaren darstellten, ein Großauftrag war. Die Deckeluhren wurden aus 14 Karat Gold hergestellt und das Glas der Uhren durch ein Metallgitter geschützt.

1906 wird die Manufaktur Bautte von dem Uhrmacher Constant Othenin- Girard übernommen und die Uhrmacherwerkstatt in Girard-Perregaux umbenannt.

1928 musste das Unternehmen Konkurs anmelden und wurde von dem deutschen Uhrmacher Otto Graef (1862 - 1948), dem Eigentümer der Manufacture Internationale de Montres d'Or (kurz MIMO), im Jahr 1929 aufgekauft. Zusammen mit seiner Familie hat es Otto Graef geschafft die Marke Girard-Perregaux vor dem Untergang und dem Vergessen zu retten und ihr zum weltweiten Ansehen verholfen. In den 60ger Jahren war die Girard-Perregaux eine der wenigen Marken, die sich eine eigene Forschungs- und Entwicklungsabteilung leisteten. Das Hauptthema der Abteilung – die Entwicklung einer Quarzarmbanduhr, was ihnen erfolgreich gelang. Anfang der ´70ger-Jahre führte die Luxus Uhrenmarke zudem die bis heute gebräuchliche Frequenz von 32,768 Hz für Quarzuhren ein. Diese Frequenz ist seitdem der weltweite Standard.

Die billigen Quarzuhren aus Fernost waren eine große Konkurrenz und bedeuteten auch für diese Schweizer Spitzenmanufaktur den Untergang. Erst der Turiner Unternehmer Luigi Macaluso schaffte mittels geschickter Vermarktung und Neuauflage legendärer Klassiker in den 90ger Jahren die Manufaktur wieder an die Spitze zu katapultieren. Der ehemalige Rennfahrer Macaluso schloss 1994 eine Vereinbarung mit Ferrari ab. Zwischen 1994 und 2004 präsentierte Girard-Perregaux eine Kollektion von Sport-Chronographen mit Ferrari Logo in limitierter Auflage. Nach dem Tod von Luigi Macaluso 2010 wurde Girard-Perregaux von der Sowind Group übernommen.

Seit 225 Jahren lässt Girard-Perregaux eine Innovation auf die andere folgen – in allen Bereichen der Zeitmessung von Design über Komplikationen bis hin zur Chronometrie.

Mit 225 exklusiven Uhren der neuen Linie Place Girardet feierte Girard-Perregaux sein 225-jähriges Bestehen. Jedes dieser Uhrenmodelle hat ein Zifferblatt, das sich durch seine originelle Gestaltung und Dekoration auszeichnet. So variieren die Indexe und Minuterie bei jeder Uhr und machen aus jedem der 225 Modelle ein Unikat.